Dalam seri ketiga ini, minat Alex terhadap misi ninja mulai memudar. Ia lebih suka menghabiskan waktunya bersama teman-temannya, dan Ninja Kotak merasa diabaikan serta ingin terlibat dalam misi baru. Akibatnya, Alex tanpa sengaja terlibat konflik dengan Marco, pacar nakal Jessica, yang menjerumuskannya ke dalam perselisihan yang tidak ia inginkan. Ia pun didesak oleh Ninja Kotak untuk membela diri.